La Médiathèque de la MMSH conserve de nombreux fonds et collections dont un grand nombre de documents inédits, (rapports, mémoires, thèses et enquêtes), ainsi que des bibliothèques de chercheurs, comme celles de Georges Duby et de Marie Bernand. Les fonds photographiques conservés à l'iconothèque sont issus, pour l'essentiel, de l'IREMAM (64000) et de TELEMME (19000).
- 130000 ouvrages dont 40000 en caractères arabes et plus de 10000 travaux universitaires
- 4300 titres de périodiques dont 803 en langue arabe et 180 abonnements
- 5000 heures d’archives sonores
- 120 bobines sur la presse française entre 1830 et 1939
- 2100 cartes
- 200 manuscrits
- 80 000 images